از علامه جعفری می پرسند چی شد که به این کمالات رسیدی ؟!
ایشان در جواب خاطره ای از دوران طلبگی تعریف میکنند و اظهار میکنند که هر چه دارند از کراماتی است که به دنبال این امتحان الهی نصیبشان شده :«ما در نجف در مدرسه صدر اقامت داشتیم . خیلی مقید بودیم که ، در جشن ها و ایام سرور ، مجالس جشن بگیریم ، و ایام سوگواری را هم ، سوگواری می گرفتیم ، یک شبی مصادف شده بود با ولادت حضرت فاطمه زهرا (س) اول شب نماز مغرب و عشا می خواندیم و یک شربتی می خوردیم آنگاه با فکاهیاتی مجلس جشن و سرور ترتیب می دادیم .
 یک آقایی بود به نام آقا شیخ حیدر علی اصفهانی ، که نجف آبادی بود، معدن ذوق بود . او که ، می آمد من به الکفایه ، قطعا به وجود می آمد جلسه دست او قرار می گرفت .
آن ایام مصادف شده بود با ایام قلب الاسد (?? الی ?? مرداد ) که ما خرما پزان می گوییم نجف با ?? و یا ?? درجه خیلی گرم می شد . آن سال در اطراف نجف باتلاقی درست شده بود و پشه های بوجود آمده بود که  عربهای بومی را اذیت می کرد ما ایرانیها هم که ، اصلا خواب و استراحت نداشتیم . آن سال آنقدر گرما زیاد بود که ، اصلا قابل تحمل نبود نکته سوم اینکه حجره من رو به شرق بود . تقریبا هم مخروبه بود . من فروردین را در آنجا بطور طبیعی مطالعه می کردم و می خوابیدم . اردیبهشت هم مقداری قابل تحمل بود ولی دیگر از خرداد امکان استفاده از حجره نبود . گرما واقعا کشنده بود ، وقتی می خواستم بروم از حجره کتاب بردارم مثل این بود که با دست نان را از داخل تنور بر می دارم ، در اقل وقت و سریع ! 
با این تعاریف این جشن افتاده بود به این موقع ، در بغداد و بصره و نجف، گرما ، تلفات هم گرفته بود ، ما بعد از شب نشستیم ، شربت هم درست شد ، آقا شیخ حیدر علی اصفهانی که ، کتابی هم نوشته بنام « شناسنامه خر » آمد. مدیر مدرسه مان ، مرحوم آقا سید اسماعیل اصفهانی هم آنجا بود ، به آقا شیخ علی گفت : آقا شب نمی گذره ، حرفی داری بگو ، ایشان یک تکه کاغذ روزنامه در آورد .
عکس یک دختر بود که ، زیرش نوشته بود « اجمل بنات عصرها » « زیباترین دختر روزگار » گفت : آقایان من درباره این عکس از شما سوالی می کنم . اگر شما را مخیر کنند بین اینکه با این دختر بطور مشروع و قانونی ازدواج کنید – از همان اولین لحظه ملاقات عقد جاری شود و حتی یک لحظه هم خلاف شرع نباشد – و هزار سال هم زندگی کنید، با کمال خوشرویی و بدون غصه ، یا اینکه جمال علی (ع) را مستحبا زیارت و ملاقات کنید . کدام را انتخاب می کنید .
 
سوال خیلی حساب شده بود . طرف دختر حلال بود و زیارت علی (ع) هم مستحبی . گفت آقایان واقعیت را بگویید . جا نماز آب نکشید ، عجله نکنید ، درست جواب دهید. اول کاغذ را مدیر مدرسه گرفت و نگاه کرد و خطاب به پسرش که در کنارش نشسته بود با لهجه اصفهانی گفت : سید محمد! ما یک چیزی بگوئیم نری به مادرت بگوئی ها؟ معلوم شد نظر آقا چیست. شاگرد اول ما نمره اش را گرفت! همه زدند زیر خنده.
 کاغذ را به دومی دادند. نگاهی به عکس کرد و گفت: آقا شیخ علی، اختیار داری، وقتی آقا (مدیر مدرسه) اینطور فرمودند مگر ما قدرت داریم که خلافش را بگوئیم. آقا فرمودند دیگه! خوب در هر تکه خنده راه می افتاد. نفر سوم گفت : آقا شیخ حیدر این روایت از امام علی (ع) معروف است که فرموده اند « یا حارث حمدانی من یمت یرنی » (ای حارث حمدانی هر کی بمیرد مرا ملاقات می کند) پس ما انشاالله در موقعش جمال علی (ع) را ملاقات می کنیم! باز هم همه زدند زیر خنده، خوب  اهل ذوق بودند. واقعا سوال مشکلی بود.
 یکی از آقایان گفت : آقا شیخ حیدر گفتی زیارت آقا مستحبی است؟ گفتی آن هم شرعی صد در صد؟ آقا شیخ حیدر گفت : بلی. گفت : والله چه عرض کنم (باز هم خنده حضار ) 
نفر پنجم من بودم. این کاغذ را دادند دست من. دیدم که نمی توانم نگاه کنم، کاغذ را رد کردم به نفر بعدی، گفتم : من یک لحظه دیدار علی (ع) را به هزاران سال زناشویی با این زن نمی دهم. یک وقت دیدم یک حالت خیلی عجیبی دست داد. تا آن وقت همچو حالتی ندیده بودم. شبیه به خواب و بیهوشی بلند شدم. اول شب قلب الاسد وارد حجره ام شدم، حالت غیر عادی، حجره رو به مشرق دیگر نفهمیدم، یکبار به حالتی دست یافتم. یک دفعه دیدم یک اتاق بزرگی است یک آقایی نشسته در صدر مجلس، تمام علامات و قیافه ای که شیعه و سنی درباره امام علی (ع) نوشته در این مرد موجود است. یک جوانی پیش من در سمت راستم نشسته بود. پرسیدم این آقا کیست؟ گفت : این آقا خود علی (ع) است، من سیر او را نگاه کردم. آمدم بیرون، رفتم همان جلسه، کاغذ رسیده دست نفر نهم یا دهم، رنگم پریده بود. نمی دانم شاید مرحوم شمس آبادی بود خطاب به من گفت : آقا شیخ محمد تقی شما کجا رفتید و آمدید؟ نمی خواستم ماجرا را بگویم، اگر بگم عیششون بهم می خوره، اصرار کردند و من بالاخره قضیه را گفتم و ماجرا را شرح دادم، خیلی منقلب شدند. خدا رحمت کند آقا سید اسماعیل ( مدیر ) را خطاب به آقا شیخ حیدر گفت : آقا دیگر از این شوخی ها نکن، ما را بد آزمایش کردی. این از خاطرات بزرگ زندگی من است».
منبع: سایت علمی دانشجویان ایران

جوانی به نام محمد باقر در اتاق خود در حوزه علمیه مشغول مطالعه بود به ناگاه دختری وارد اتاق او شد در را بست و با انگشت به طلبه بیچاره اشاره کرد که ساکت باشد. 

دختر گفت : شام چه داری ؟؟!
طلبه آنچه را که حاضر کرده بود آورد و سپس دختر در گوشه ای از اتاق خوابید و محمد به مطالعه خود ادامه داد .
از آن طرف چون این دختر شاهزاده بود و بخاطر اختلاف با زنان دیگر از حرمسرا خارج شده بود لذا شاه دستور داده بود تا افرادش شهر را بگردند ولی هر چه گشتند پیدایش نکردند .

صبح که دختر از خواب بیدار شد و از اتاق خارج شد ماموران شاهزاده خانم را همراه محمد باقر به نزد شاه بردند شاه عصبانی پرسید چرا شب به ما اطلاع ندادی و ... 

محمد باقر گفت : شاهزاده تهدید کرد که اگر به کسی خبر دهم مرا به دست جلاد خواهد داد شاه دستور داد که تحقیق شود که آیا این جوان خطائی کرده یا نه ؟ 

و بعد از تحقیق از محمد باقر پرسید چطور توانستی در برابر نفست مقاومت نمائی؟
محمد باقر ده انگشت خود را نشان داد و شاه دید که تمام انگشتانش سوخته و ...!
لذا علت را پرسید طلبه گفت : چون او به خواب رفت نفس اماره مرا وسوسه می نمود هر بار که نفسم وسوسه می کرد یکی از انگشتان را بر روی شعله سوزان شمع می گذاشتم تا طعم آتش جهنم را بچشم و بالاخره از سر شب تا صبح بدین وسیه با نفس مبارزه کردم و به فضل خدا ، شیطان نتوانست مرا از راه راست منحرف کند و ایمان و شخصیتم را بسوزاند ...

شاه عباس از تقوا و پرهیز کاری او خوشش آمد و دستور داد همین شاهزاده را به عقد میر محمد باقر در آوردند و به او لقب میرداماد داد و امروزه تمام علم دوستان از وی به عظمت و نیکی یاد کرده و نام و یادش را گرامی می دارند...

شب هنگام محمد باقر -طلبه جوان-در اتاق خود مشغول مطالعه بود که به ناگاه دختری وارد اتاق او شد در را بست و با انگشت به طلبه بیچاره اشاره کرد که سکوت کند و هیچ نگوید.

دختر پرسید: شام چه داری ؟؟ طلبه آنچه را که حاضر کرده بود آورد و سپس دختر که شاهزاده بود و به خاطر اختلاف با زنان حرمسرا خارج شده بود در گوشه‌ای از اتاق خوابید.

 

صبح که دختر از خواب بیدار شد و از اتاق خارج شد ماموران،شاهزاده خانم را همراه طلبه جوان  نزد شاه بردند شاه عصبانی پرسید چرا شب به ما اطلاع ندادی و ....

 

محمد باقر گفت : شاهزاده تهدید کرد که اگر به کسی خبر دهم مرا به دست جلاد خواهد داد.

 

شاه دستور داد که تحقیق شود که آیا این جوان خطائی کرده یا نه ؟ و بعد از تحقیق از محمد باقر پرسید چطور توانستی در برابر نفست مقاومت نمائی؟ محمد باقر 10 انگشت خود را نشان داد و شاه دید که تمام انگشتانش سوخته و ...

 

علت را پرسید. طلبه گفت : چون او به خواب رفت نفس اماره مرا وسوسه می نمود هر بار که نفسم وسوسه می کرد یکی از انگشتان را بر روی شعله سوزان شمع می‌گذاشتم تا طعم آتش جهنم را بچشم و بالاخره از سر شب تا صبح بدین وسیله با نفس مبارزه کردم و به فضل خدا ، شیطان نتوانست مرا از راه راست منحرف کند و ایمانم را بسوزاند.

 

شاه عباس از تقوا و پرهیز کاری او خوشش آمد و دستور داد همین شاهزاده را به عقد میر محمد باقر در آوردند و به او لقب میرداماد داد و امروزه تمام علم دوستان از وی به عظمت و نیکی یاد کرده و نام و یادش را گرامی می دارند. از مهمترین شاگردان وی می توان به ملا صدرا اشاره نمود .